Secara historis, keberadaan IAIN Madura tidak bisa dipisahkan dari dua lembaga yang mendahului, yaitu Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel di Pamekasan (1966) dan STAIN Pamekasan (1997).

1. Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel

   Keinginan masyarakat Madura untuk memiliki perguruan tinggi Islam terjawab, dengan dibukanya Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel cabang Pamekasan, pada tanggal 20 Juli 1966 (bertepatan dengan tanggal 2 Rabi’ul Akhir 1386 Hijriyah) berdasar Keputusan Menteri Agama RI Nomor 39 Tahun 1966.

   Pada awal berdiri sampai tahun 1977, kegiatan pendidikan menumpang di gedung Pendidikan Guru Agama Negeri/PGAN Pamekasan (sekarang Madrasah Aliyah Negeri/MAN 2 Pamekasan) di Jalan KH. Wahid Hasyim 28 Pamekasan. Mulai tahun 1977 Fakultas Tarbiyah Pamekasan ini memiliki gedung sendiri yang dibangun di atas tanah seluas ±5.000 m2 yang berlokasi di Jalan Brawijaya Nomor 5 Pamekasan.

   Sejak berdiri sampai awal tahun 1987, fakultas cabang ini hanya menyelenggarakan satu jurusan, yaitu Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) untuk Program Sarjana Muda, yang lulusannya bergelar Bachelor of Arts (BA). Kemudian, sejak 1988 program sarjana muda dihapus dan beralih ke Program Sarjana (S-1). Perubahan menjadi program sarjana dimaksudkan untuk meningkatkan mutu lulusan sesuai kebutuhan masyarakat dan tuntutan zaman.

2. STAIN Pamekasan

   Setelah ± 31 tahun menjadi fakultas cabang IAIN Sunan Ampel, pemerintah mengubah status Fakultas Tarbiyah menjadi perguruan tinggi mandiri, dengan nama Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Pamekasan (STAIN Pamekasan). Perubahan status ini berdasar Keputusan Presiden RI Nomor 11 tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri, tanggal 21 Maret 1997 bertepatan dengan 12 Dzulqa’dah 1417 Hijriyah. Tugas pokok STAIN, menurut keputusan tersebut, adalah menyelenggarakan pendidikan tinggi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang ilmu penge¬tahuan agama Islam sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

   Perubahan fakultas cabang menjadi STAIN tidak bisa dipisahkan dengan keluarnya Peraturan Pemerintah Nomor 30/1990 tentang Pen-didikan Tinggi, yang tidak memberi ruang berdirinya fakultas cabang di daerah. Jenis pergu¬ruan tinggi menurut peraturan tersebut, berbentuk universitas, institut, seko¬lah tinggi, akademi, dan politeknik. Selain itu, selama menjadi fakultas cabang, ruang geraknya sangat terbatas karena sebagian besar kebijakan ditentukan IAIN induk. Maka, setelah menjadi lembaga mandiri, STAIN memiliki hak otonom lebih luas dan lebih leluasa dalam merespon tuntutan masyarakat dan perkembangan zaman.

   Terbukti, sejak menjadi lembaga mandiri, STAIN terus berkembang menjawab kebutuhan masyarakat dan tuntutan zaman. Jika selama menjadi fakultas cabang, hanya memiliki satu jurusan/program studi, maka secara bertahap dan pasti STAIN terus menambah jurusan dan program studi. Saat ini, satu-satunya perguruan tinggi Islam negeri di Pulau Madura ini telah memiliki tiga jurusan dan pascasarjana, dengan menyelenggarakan 18 program studi, sebagaimana akan diurai dalam tabel selanjutnya.

3. IAIN Madura

   Usia STAIN telah berjalan ± 20 tahun (1997-2017). Selama menjadi STAIN, beragam upaya dan prestasi telah diraih, dan masyarakat pun terus merespon positif keberadaan STAIN Pamekasan. Akhirnya, keber¬adaan STAIN yang—menurut Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi—bertugas menyelenggarakan pendidikan tinggi “dalam satu rumpun ilmu pengetahuan”, tidak memadai lagi untuk menjawab kebutuhan masyarakat, kebutuhan pembangu¬nan nasional, pertumbuhan jumlah mahasiswa, dan pesatnya perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.

   Atas dasar kebutuhan di atas, dilakukan ikhtiar alih status dari STAIN Pamekasan menjadi Institut Agama Islam Negeri Madura (IAIN Madura). Ikhtiar ini dilakukan agar kewenangan lembaga ini lebih luas. Jika STAIN hanya berwenang menyelenggarakan pendidikan tinggi dalam “satu rumpun ilmu pengetahuan tertentu”, maka ketika menjadi IAIN kewenangannya lebih luas, yakni menyelenggarakan pendidikan tinggi dalam “sejumlah rumpun ilmu pengetahuan tertentu”. Berbagai upaya dilakukan untuk mewujudkan alih status tersebut.

   Alhamdulillah, usul perubahan tersebut menjadi nyata setelah Presiden pada tanggal 5 April 2018 menandatangani Peraturan Presiden Nomor 28 Tahun 2018 tentang IAIN Madura. Peraturan Presiden ini diundangkan ke dalam Lembaran Negara oleh Menteri Hukum & Hak Asasi Manusia Nomor 51 tahun 2018, pada tanggal 7 April 2018. Sejak diundangkan di lembaran negara, maka IAIN Madura resmi menggantikan STAIN Pamekasan.

4. Fakultas dan Program Studi

   Berdasar Peraturan Menteri Agama No. 34 tentang Ortaker IAIN Madura, jumlah fakultas dan program studi adalah sebagai berikut:

   1. Fakultas Tarbiyah
      • PS. Pendidikan Agama Islam (S.Pd)
      • PS. Pendidikan Bahasa Arab (S.Pd)
      • PS. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (S.Pd)
      • PS. Pendidikan Islam Anak Usia Dini (S.Pd)
      • PS. Manajemen Pendidikan Islam (S.Pd)
      • PS. Bimbingan dan Konseling Pend. Islam (S.Pd)
      • PS. Tadris Bahasa Inggris (S.Pd)
      • PS. Tadris Bahasa Indonesia (S.Pd)
      • PS. Tadris Ilmu Pengetahuan Sosial (S.Pd)
      • PS. Tadris Matematika (S.Pd)
      • PS. Tadris Ilmu Pengetahuan Alam (S.Pd)
   2. Fakultas Syariah
      • PS. Hukum Keluarga Islam/Ahwal al-Syakhsyiyah (S.H)
      • PS. Hukum Ekonomi Syariah (S.H)
      • PS. Hukum Tata Negera (S.H.)
   3. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
      • PS. Perbankan Syariah (S.E)
      • PS. Ekonomi Syariah (S.E)
      • PS. Akuntansi Syariah (S.Akun)
      • PS. Manajemen Bisnis Syar'ah (S.E)
   4. Fakultas Ushuludin dan Dakwah
      • PS. Ilmu al-Qur’an dan Tafsir (S.Ag)
      • PS. Komunikasi dan Penyiaran Islam (S.Sos)
      • PS. Ilmu Hadits (S.Ag)
   5. Pascasarjana
      • PS. Magister Pendidikan Agama Islam (M.Pd)
      • PS. Magister Hukum Keluarga Islam (M.H)
      • PS. Magister Ekonomi Syari'ah

Sejak awal pendiriannya hingga saat ini, STAIN telah mengalami delapan kali estafeta kepemimpinan, yaitu:

1. Drs. H. Munir S.A, 20 Juli 1966 sampai 1 Maret 1970;
2. Drs. H. Djawahir Syamsuri, 1 Maret 1971 sampai 12 Oktober 1983;
3. Drs. H. Bustami Said, 12 Oktober 1983 sampai 1 November 1991;
4. Drs. H. Dimjati, 1 November 1991 sampai 21 Agustus 1998;
5. Drs. H. Moh. Zaini, 21 Agustus 1998 sampai 24 Juli 2000;
6. Drs. H. Bustami Said, 24 Juli 2000 sampai 11 Agustus 2004;
7. Dra. Hj. Mariatul Q.H.A.R., M.Ag, 10 Agustus 2004 sampai 8 Agustus 2008;
8. Dr. Idri, M.Ag, 8 Agustus 2008 sampai dengan 16 Oktober 2012;
9. Dr. H. Taufiqurrahman, M.Pd, 16 Oktober 2012 sampai dengan 16 Oktober 2016;
10. Dr. H. Mohammad Kosim, M.Ag, 16 Oktober 2016 sampai dengan 2022
11. Dr. H. Saiful Hadi, M.Pd, 27 April 2022 sampai sekarang