Sebagai lembaga pendidikan tinggi, IAIN Madura dikelola dan dikembangkan atas landasan visi, misi, tujuan, dan strategi sebagai berikut:

1. VISI : Religius dan Kompetitif

   Konsep religius dalam visi IAIN dimaksudkan bahwa warga kampus harus memiliki karakter religius, dengan ciri-ciri umum: memahami, meyakini, menghayati, mengamalkan, dan menyebarkan ajaran Islam dengan prinsip wasathiiyah.

   Konsep kompetitif yang dimaksud dalam visi IAIN, bahwa lembaga memiliki daya saing dengan perguruan tinggi lainnya baik skala nasional, regional maupun internasional di bidang pendidikan dan pengajaran, manajemen kelembagaan, kualitas SDM, produk riset, pengabdian kepada masyarakat, dan kompetensi lulusan.

2. MISI
   1. menyelenggarakan pendidikan dan pembelajaran yang religius dan kompetitif guna menghasilkan lulusan yang islami, moderat, kompeten, mandiri, berdaya saing, dan cinta tanah air;
   2. menyelenggarakan penelitian dan pengkajian ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam yang religius dan kompetitif, guna mewujudkan pengembangan ilmu, kemaslahatan umat, dan daya saing bangsa;
   3. menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam yang religius dan kompetitif, guna mewujudkan masyarakat yang mandiri, produktif, sejahtera, dan islami;
3. TUJUAN
   1. menghasilkan lulusan yang religius, moderat, kompeten, mandiri, berdaya saing, dan cinta tanah air;
   2. menghasilkan karya ilmiah dalam bidang ilmu pengetahuan dan tek¬nologi keagamaan Islam yang religius dan kompetiti, guna mewujudkan pengembangan ilmu dan teknologi, serta untuk meningkatkan kemaslahatan umat dan daya saing bangsa;
   3. menghasilkan karya pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam yang religius dan kompetitif, guna mewujudkan masyarakat yang mandiri, produktif, sejahtera, dan islami;
4. STRATEGI
   1. membangun budaya mutu layanan pendidikan dan pembelajaran yang religius dan kompetitif dengan memanfaatkan teknologi;
   2. membangun budaya riset yang religius dan kompetitif dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam; dan
   3. membangun budaya pengabdian kepada masyarakat yang religius, kompetitif, dan tepat guna dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam.